در کنار متالهین اسلامی که به مباحث خدا، اتم ها و اعراض پرداخته اند، عده ای نیز به مسئله فضا پرداخته و آن را مورد مداقه قرار داده اند. ابن رشد مدعی است این عده به این وادی وارد شدند که بگویند فضایی وجود دارد که در آن خدا خلق جسمانی اتمها و اعراض را انجام می دهد، هر چند که این ادعا به روشنی توسط این متالهین بیان نشده است.

در توجه و کاوش در مورد مسئله فضا، دو سوال در میان کسانی که به مسئله اتم می پرداختند به بحث گذاشته می شوند: اول اینکه "آیا فضا گسسته و جدا از هم (شبیه به اتمهایی که آن را اشغال می کنند) است یا پیوسته و مداوم؟" و دیگر اینکه آیا فضای اشغال نشده و خالی، وجود دارد یا به بیان دقیق تر فضاهای خلا دار و فاصله داری می تواند میان اتم ها وجود داشته باشد یا نظام عالم وجود، فضای اشغال شده توسط ماده است؟

در حالیکه متالهین اسلامی ظاهرا در مورد جدا از هم بودن این موضوع متفق القول بوده اند اما در خصوص ترکیب و ساخت فضا که اتمها آ ن را اشغال کرده اند نظر مشابهی نداشتند یعنی بیان می داشتند که آیا فضا از سلولهایی در حجم اتم با اندازه مشخص و مناسب تشکیل شده است، یا فضا یک وسعت مستمر و مداوم باز است.

گفته ها بر این مسئله تکیه دارند که آیا یک اتم می تواند بر بالای دو اتم دیگر قرار گیرد به طوری که اتم بالایی به طور مساوی بر دو اتم پایینی تکیه داشته باشد همانند مثالی که در آن مکعب سنگی بر بالای یک هرم کوچکی قرار داشته باشد که هرم یاد شده از سه مکعب سنگ همسان در اندازه بلوک ساختمانی ساخته شده باشد. آن دسته ای که جدا بودن را الزامات فضا می دانند دلیل خود را بر این پایه استوار کرده اند که اگر چنین نبود پس اتمها از نظر ادراکی قابل تقسیم بودند، با این اوصاف، تمام اتم گرایان مسلمان توافق دارند که اتمها نه تنها  از نظر فیزیکی غیر قابل تقسیم هستند بلکه از نظر ادراکی نیز اینگونه اند.